L'Empire
Le 18 mai 1804, nouveau changement de régime, l’Empire est proclamé. Bonaparte devient Empereur et prend le nom de « Napoléon 1er ». Il concentre tous les pouvoirs. Les guerres reprennent.
Devant le manque d'enseignants, les congrégations, décimées à la Révolution, sont rappelées. Un nombre important se créent ou se reconstituent, surtout féminines.
Fourcroy, directeur général de l'Instruction publique rédige les différents textes législatifs et règlementaires.
Napoléon fait voter le décret-loi du 10 mai 1806 qui fonde l'Université. Le décret impérial portant sur l'organisation de l'Université est promulgué le 17 mars 1808.
Aucune école ne peut être créée hors de l'Université. Mais en réalité, les écoles primaires ne sont pas concernées ne formant pas un corps d'Etat. Le seul corps existant dans le primaire, celui des Frères des Ecoles chrétiennes dont les statuts sont approuvés par arrêté le 4 août 1810, reste en dehors.
Fourcroy est écarté de la grande maîtrise de l'Université impériale au profit de Louis de Fontanes. Aidé entre autres par Ambroise Rendu, il réorganise entièrement le système scolaire français. Il crée les postes d'inspecteurs généraux.
L'Ecole Normale de Strasbourg ouvre en 1810.